プレイヤーはAssassin's Creed Shadowsで戦国時代の日本に連れて行かれ、2人の主人公はそれぞれ独自の武器と戦闘スタイルを持ち、戦場の変化する状況に適応することができます。適切な武器を選び、それをアップグレードすることが、この緊迫したゲームでの生存と敵を倒す鍵となります。

Yasukeの武器

長刀（Katana）

Yasukeの長刀は効率的で素早いですが、敵に対する広範囲の攻撃カバーがないという欠点があります。高い射程がないにもかかわらず、素早い打撃のおかげで多くの敵に対して最適です。

薙刀（Naginata）

薙刀は広い攻撃範囲を持つ長柄武器で、大勢の敵との戦闘で強力かつ効果的です。この武器を使用することで、敵を寄せ付けずに戦うことができます。薙刀はYasukeのコレクションの中で最も攻撃力が高く、困難な状況で使用するのに最適な武器です。

金棒（Kanabo）

大きなメイスで、その遅い速度を強力な打撃で補います。金棒は敵の鎧を貫通し、短時間で大きなダメージを与えることができますが、遅いために複数の敵と戦う際には攻撃を受けやすいです。

弓（Bow）

遠距離での静かなキルに最適な武器です。Yasukeの弓は、静かに敵を倒すことができ、時間の流れを遅くすることで戦闘中でも効果的です。 

鉄砲（Teppo）

鉄砲は遠距離で使うのに強力な武器ですが、その音のためにかなりの注意を引きます。プレイヤーは各ショットをリロードする必要があり、近接戦では鈍器としても使用する必要があります。

Naoeの武器

刀（Katana）

Naoeの刀は1対1の戦闘や小グループに対して万能な選択です。素早いコンボ攻撃が特徴で、キックや打ち上げ攻撃を含みます。Naoeの手にかかれば、どんな武器も遅く感じることはありません。

短刀 / 隠し刃（Tanto / Hidden Blade）

短刀は素早いダガーで、Naoeが多数の素早い打撃を与えることを可能にし、隠し刃と組み合わせることで、正確なキルのための強力なツールとなります。この武器は個々の敵を扱うのに最適です。

鎖鎌（Kusarigama）

この鎖付きの鎌は、遠距離から様々な攻撃を行うことができます。その柔軟性により、大勢の敵との戦闘や孤立した敵を狙う際にも使用できます。さらに、そのパッシブスキルにより、鎖が敵を捕らえてその場で倒すことができます。

道具（Tools） 

Naoeは手裏剣やクナイを含む投擲武器を持っています。クナイは頭部を狙うことで即座に敵を倒し、手裏剣は敵をスタンさせ、次の攻撃の準備を助けます。

武器のアップグレード

Assassin's Creed Shadowsでは、プレイヤーは専門のスキルスロットを通じて武器をアップグレードできます。これらのアップグレードにより、各武器タイプのダメージが増加し、新しい能力が追加されます。各武器タイプにはその希少度があり、一般的なものから伝説的なものまであります。プレイヤーはクリティカルヒットの確率を上げたり、戦闘中のアドレナリンを強化するなどのユニークなボーナスを得るために刻印を追加することもできます。